Kostel byl založený Jindřichem I., který udělil patronátní právo k jeho postavení řádu Německých rytířů. Od Jindřichova syna Vítka bylo toto právo potvrzené v r. 1255. Protože kostel nebyl velký, býval často nazýván kaplí. Řád zde zároveň vystavěl špitál pro 12 osob. Roku 1594 byl kostel připojen k jezuitské koleji, která zde byla místo špitálu a sousedních budov vystavěna. Když roku 1615 shořel, nechal v letech 1628-1632 Vilém Slavata vystavět nový kostel za 12 tisíc rýnských zlatých ze zabaveného majetku odbojných měšťanů. V roce 1652 byla přistavěna ke kostelu věž, která byla údajně tak velká jako farní.
Když byl r. 1773 jezuitský řád zrušen, konaly se zde do r. 1789 vojenské mše, pak byl kostel uzavřen a prodán měšťanům jindřichohradeckým. Třetí majitel dal r. 1801 po velkém požáru kostel znovu pokrýt, zbořit věž a mrtvé z hrobky pochovat na hřbitově u sv. Trojice. Zanedlouho prodal kostel vojenskému eráru. Raně barokní kostel je jednolodní s pětibokým presbytářem. Na jeho jižní straně je kaple sv. Hypolita s historicky cennými freskami. K budově koleje přiléhá kaple sv. Maří Magdaleny. Jedná se o zajímavou stavbu z 1. poloviny 17. století, jejíž interiér je zajímavý unikátní štukovou výzdobou.
Další informace
Objekty přešly v r. 1995 do majetku města Jindřichův Hradec v dezolátním stavu a za vynaložení velkých finančních prostředků se podařilo odstranit necitlivě instalovaná dřevěná mezipatra včetně stavebních zásahů, byla obnovena štuková výzdoba, vyměněna dlažba, zavedlo se osvětlení a kaple byla vybavena nábytkem. Kaple je nyní využívána k výstavním, kulturním a společenským účelům.