Moravská Dyje teče jižním směrem, protéká okolo Telče a Dačicemi, v Písečném opouští ČR, v Rakousku se u Raabsu spojuje s rakouskou Dyjí (Thaya), aby se mohla u Drosendorfu opět vrátit do Čech a pokračovat na Moravu.
Přírodní památka Moravská Dyje je tvořena linií řeky s dobře vyvinutou nivou. Celková délka řeky v přírodní památce je 24 km. Předmětem ochrany jsou chráněné a vzácné druhy živočichů a rostlin vázaných na biotop vodního toku, mokřadních ploch, nivních luk, trávníků mezofilního až xerofilního typu a biotopů otevřených skalních ploch. Význačnými druhy pro řeku Dyji jsou vydra říční, škeble říční, velevrub malířský, hořavka duhová, ouklejka pruhovaná a rak říční. Cílem ochrany přírodní památky Moravská Dyje je udržení vysoké biodiverzity vodního toku a okolních stanovišť (od mokrých nivních luk po biotopy otevřených skalních ploch) a postupné zlepšování kvality vody a zvýšení migrační prostupnosti.
Zajímavost: Tok řeky je dlouhý 68 km a odvodňuje území o rozloze 630 km2.