Gotický kostel, na jehož místě stávala původně románská svatyně, vznikal postupně od začátku 13. století. V následujícím století byla postavena kaple sv. Mikuláše, jež bývá někdy označována za perlu vrcholné gotiky v jižních Čechách, a zahájena stavba kláštera. 

Původní bohatá gotická fresková výzdoba kostela, řadící se k nejvýznamnějším projevům českého nástěnného malířství z poloviny 14. století, byla v horní části hlavní lodi částečně porušena hvězdicovou klenbou z 15. století. Ke kostelu přiléhají budovy bývalého minoritského kláštera a později přistavěného špitálu. Zajímavá architektura, bohatství nástěnných maleb, řada náhrobků, z nichž nejcennější je gotický náhrobek Magdaleny z Gleichenu (1492) z červeného mramoru a renesanční náhrobky pánů Špánovských z Lisova z první poloviny 17. století a raně barokní mobiliář kostela, vytvářejí z celého komplexu ojedinělou památku středoevropského významu.

Kostel, který je ve správě jindřichohradeckého muzea, byl v nedávné době zpřístupněn, rovněž budova kláštera prošla rekonstrukcí. Kostel slouží jako koncertní síň, jižní boční loď využívá muzeum k výstavním účelům.